Fakultas Kedokteran Universitas Islam Sumatera Utara (FK UISU) merupakan fakultas kedokteran swasta tertua di luar Jawa. Bermodalkan semangat keislaman para pendiri UISU, maka didirikanlah fakultas kedokteran di lingkungan UISU untuk mengakomodasi kebutuhan masyarakat akan dokter-dokter yang memegang teguh nilai keislaman. Pada tahun 1965 satu-satunya Fakultas Kedokteran yang ada di Sumatera Utara adalah Fakultas Kedokteran USU yang tidak sanggup menampung semua lulusan SMA yang berminat melanjutkan pendidikan ke Fakultas Kedokteran, sementara itu kebijakan yang ada terasa mempersulit calon-calon mahasiswa dari Sumatera Utara untuk bisa diterima di Perguruan Tinggi Negeri lain terutama yang ada di pulau Jawa. Berdirinya FK-UISU mendapatkan dukungan dari masyarakat, terutama masyarakat Sumatera Utara dan pejabat-pejabat resmi pada waktu itu, baik yang ada di Medan maupun di Jakarta. Kegiatan perkuliahan di FK UISU pertama kali dilaksanakan pada 1 Oktober 1965 dengan mahasiswa angkatan pertama sebanyak 53 orang. Tanggal tersebut ditetapkan menjadi tanggal berdirinya FK UISU. Sayangnya perkuliahan tersebut terhenti hingga akhir tahun akibat pengaruh kondisi nasional yang tidak stabil berkenaan dengan adanya Gerakan 30 September/PKI. Tahun akademik bergeser dan dimulai menjadi Januari 1966, sehingga angkatan kedua mulai masuk pada Januari 1967.

Seiring dengan waktu, FK UISU melakukan penjaminan mutu baik dari pihak internal maupun pihak ekternal. Penjaminan mutu dilakukan dengan tujuan untuk meningkatkan kualitas pembelajaran dan manajemen di FK UISU. Adapun proses penjaminan mutu dari pihak internal dilakukan oleh Penjaminan Mutu Fakultas yang dilakukan setiap semester. Sedangkan untuk penjaminan mutu pihak eksternal, FK UISU mendaftarkan akreditasi program studi pada lembaga akreditasi nasional yaitu LAM-PTKes. Akreditasi terhadap Fakultas dan Program Studi FK UISU terakhir dilakukan pada tahun 2017. Hasil akreditasi yang dilakukan oleh LAM-PTKes pada program studi Sarjana Kedokteran memperoleh peringkat Baik / Good (Surat Keputusan No: 0686/LAM-PTKes/Akr/Sar/XI/2017). Begitupula dengan akreditasi pada program studi Profesi Dokter yang juga memperoleh peringkat Baik / Good (Surat Keputusan No: 0687/LAM-PTKes/Akr/Pro/XI/2017).